故事讲的是当Elizabeth Hunter（夏洛特·兰普林 饰）中风后，他的儿子和女儿从各地飞回家照看她，由此使家庭中的原有的摩擦和对彼此的怨恨又浮出水面，在此期间，他们需要面对自己，面对家人以及如何更好的继续生活下去等问题。

拇指联盟和小镇居民们为镇长庆祝生日之时，镇长袒露心病，自己的儿子乐乐失踪于沙漠的风暴之眼，委托拇指联盟寻找。三人踏上了寻找乐乐的旅途，并在葵贝贝和仙贝贝的带领下，找到了乐乐。为了走出沙漠的迷宫，拇指联盟勇闯地宫寻找宝石，与此同时，神秘人伺机而动，众人齐心协力赶走了 神秘人，守护住了宝石，决定将宝石带回小镇并且探寻让宝石恢复力量的方法，镇长的儿子乐乐选择继续留在沙漠规划绿洲，让沙漠焕发生机。

拇指总动员由拇指联盟猎手丹尼尔（Daniel小丹）、魔女萨拉（sarah小萨）和足球小子保罗（Paul小保）以及瓦莱塔的拇指居民组成。很久很久以前，在地中海上有个美丽的小岛叫瓦莱塔，他有着一个古老的传说，相传岛上埋藏着富可敌国的宝藏，而宝藏被一个神秘骑士所守护，只要找到这个骑士，通往宝藏之门变会开启。 小岛的居民为了保护小岛的安宁与外来的夺宝者展开斗争。 拇指联盟与其他拇指居民不同的是，他们拥有超能力。华丽的变身超级英雄，拥有特殊的超级技能 猎手丹尼尔（Daniel）枪管发射玻璃保护罩，用来抵挡危险和防护 魔女 萨拉（sarah）扫帚自由伸缩，载人飞行并且能施放各种魔法，足球小子 保罗（Paul）踢出力大无比的足球进行攻击或者防卫，身体素质超群，可以瞬间移动，速度和爆发力惊人。 三人组成拇指联盟，共同保卫小镇安全。