公元2021年，资料除了透过电脑输送外，还可利用人脑运输。专业运输员尊尼为了运送更多资料，不惜洗去自己的记忆。一次任务中，尊尼被客户输入过量资料，若他不在二十小时内找到输出密码，他便会倒毙。另一方面，日本集团为了夺取他脑内的资料，也对他展开一场大追杀。

《非常小特务4》是对旧系列的重新诠释，阿尔芭饰演一个被重新起用的退休间谍，有一个小宝宝，还带着两个十来岁的继子女一起生活。这两个大孩子就是新的“特务”。

国际特工组织OSS将朱尼和卡门姐弟俩派到迪斯尼乐园里完成一件重要任务，事情是这样的：总统的独生女亚历克桑德拉因为长久以来得不到父亲的关爱而心生怨言，于是偷走了被称作“TRANSMOOKER”的国家防御系统电脑芯片，紧接着，许许多多的追杀跟随而至……

特工格雷格里奥（安东尼奥•班德拉斯 Antonio Banderas 饰）和英格丽德（卡拉•古奇诺 Carla Gugino 饰）是世界上最顶尖的特工，两人在一次任务中相遇，然后就一发不可收拾的堕入了爱河，从此世界上就少了两名出色的特工，多了一个幸福的家庭。一晃眼九年过去了，平静的世界再起波澜，格雷格里奥以前的战友们一个接一个神秘失踪，这一定是阴谋分子又在兴风作浪。无奈之下，格雷格里奥和英格丽德只好再度出马，不料两人亦同样遭到绑架！这下，重担只能落在两个从小生长在特工之家的小鬼卡门（亚历克斯•维加 Alexa Vega 饰）和朱尼（达里尔•沙巴拉 Daryl Sabara 饰）身上，我们的特工神童出征了。

科学狂人和荒岛惊魂后，这回天才特工小姐弟必须面对的，是解救全世界孩子的任务和一个庞大危险疯狂的虚拟游戏…… 在莫名其妙的失去了他的特工工作以后，“少年版007”朱尼·柯蒂斯(达利奥·萨巴拉饰)被告知他必须设法进入一个虚拟游戏的世界，他的姐姐卡门·柯蒂斯(阿历克夏·维加饰)的精神被禁锢在那里。 游戏的设计者是一个被成为“玩具制造商”(席维斯·史泰龙饰)的狂人，他有五个全然不同的分裂人格，出于邪恶的目的，他希望能够通过这个游戏控制全世界的孩子。为了打败他，朱尼加入了一个由全世界招募而来的孩子们组成的游戏测试小组中，进入虚拟世界接受层出不穷的挑战。朱尼面临着一系列考验：比如在炽热的火山岩浆上冲浪，和巨大的机器人与异种怪兽交战，又或者危险重重的夺命狂奔。即使有曾经也是天才特工的祖父帮忙，朱尼能够成功的通过这些关卡，拯救姐姐卡门并最终打败邪恶的玩具制造商吗？