《秋叶原@DEEP》讲述了一个患有洁癖症和女性恐惧症的设计师；一个患有口吃的天才写手；一个时不时就会进入冻结状态的电子音乐家；一个患有疏离症的少年黑客；一个蜗居十年足不出户，一出门又患上回家恐惧症的法律专家；一个角色扮演咖啡厅的人气服务员，喜欢格斗技与迷彩服的美少女。这六个具有边缘性格的年轻人在秋叶原创办了一家IT公司“秋叶原@deep”，并开发出史上第一个人工智能搜索引擎“CROOK”，掀起了网络革命。就在此时，IT业龙头也向他们伸出了魔爪……